To preparaty najnowszej generacji, choć badania nad nimi trwają już od ok. 30 lat. W przypadku szczepionek mRNA zamiast wstrzykiwać białka wirusowe, nasz organizm wykorzystuje instrukcje do samodzielnego ich tworzenia. W odpowiedzi na szczepionkę układ immunologiczny wytwarza odpowiednie przeciwciała, które uniemożliwiają namnażanie się wirusa i chronią przed chorobą. Układ odpornościowy zapamiętuje tę odpowiedź i aktywuje ją w przypadku zetknięcia się z wirusem. Preparaty te wymagają bardzo niskiej temperatury przechowywania i transportu. W przypadku Pfeizera to ok. -80 º do -70 º C, a Moderny od -25º do -15ºC. Nieotwarte preparaty w lodówkach w temperaturze 2-8 º C mogą być przechowywane do 5 dni (Pfeizer), a 30 do dni (Moderna). Są podawane w dwóch dawkach, w określonym przez producenta odstępie czasu, nie krótszym niż 21 dni (Pfeizer) lub 28 dni (Moderna) i nie dłuższym niż 42 dni. Odporność na poziomie ponad 90 proc. uzyskuje się od 7 do 15 dni po zakończeniu cyklu szczepienia.
Do tych szczepionek zaliczamy dostępne już w Polsce preparaty amerykańskich firm Pfizer/BioNTech (występuję pod nazwą Comirnaty i według producenta zalecana jest od 16., a w USA 12. r. ż.) oraz Moderna (według producenta zalecana od 18 r. ż.), a także niedopuszczony jeszcze do obrotu niemiecki CureVac. Pfeizer został dopuszczany do obrotu 21 grudnia 2020 r., a Moderna – 6 stycznia 2021 r.